Table of Contents - bio-gngm-0.2.1 Documentation
Pages
Classes and Modules
Methods
- ::new — Bio::DB::FastaLengthDB
- ::new — Bio::Util::Gngm
- #alignment_passes — Bio::Util::Gngm
- #alternatives — Bio::DB::Vcf
- #calculate_clusters — Bio::Util::Gngm
- #calculate_densities — Bio::Util::Gngm
- #calculate_density_max_y — Bio::Util::Gngm
- #calculate_signal — Bio::Util::Gngm
- #close — Bio::Util::Gngm
- #clusters — Bio::Util::Gngm
- #collect_threads — Bio::Util::Gngm
- #densities — Bio::Util::Gngm
- #density_max_y — Bio::Util::Gngm
- #discordant_chastity — Bio::DB::Pileup
- #draw_bands — Bio::Util::Gngm
- #draw_hit_count — Bio::Util::Gngm
- #draw_peaks — Bio::Util::Gngm
- #draw_signal — Bio::Util::Gngm
- #draw_threads — Bio::Util::Gngm
- #each — Bio::DB::FastaLengthDB
- #find_index — Bio::Util::Gngm
- #find_window — Bio::Util::Gngm
- #frequency_histogram — Bio::Util::Gngm
- #get_band — Bio::Util::Gngm
- #get_insert_size_frequency — Bio::Util::Gngm
- #get_insert_size_frequency_from_bam — Bio::Util::Gngm
- #get_peaks — Bio::Util::Gngm
- #get_snp_positions_from_bam — Bio::Util::Gngm
- #get_snp_positions_from_pileup — Bio::Util::Gngm
- #get_snp_positions_from_text — Bio::Util::Gngm
- #get_unmapped_mate_frequency — Bio::Util::Gngm
- #get_unmapped_mate_frequency_from_bam — Bio::Util::Gngm
- #gq — Bio::DB::Vcf
- #hit_count — Bio::Util::Gngm
- #is_allowed_substitution? — Bio::Util::Gngm
- #is_indel? — Bio::DB::Vcf
- #is_mnp? — Bio::DB::Vcf
- #is_snp? — Bio::DB::Pileup
- #is_snp? — Bio::DB::Vcf
- #keep_known_variants — Bio::Util::Gngm
- #mq — Bio::DB::Vcf
- #new_r — Bio::Util::Gngm
- #non_ref_allele_count — Bio::DB::Vcf
- #non_ref_allele_freq — Bio::DB::Vcf
- #open_bam — Bio::Util::Gngm
- #open_file — Bio::Util::Gngm
- #open_text — Bio::Util::Gngm
- #parse_known_variants — Bio::Util::Gngm
- #pass_quality? — Bio::DB::Vcf
- #peaks — Bio::Util::Gngm
- #pl — Bio::DB::Vcf
- #print_signal — Bio::Util::Gngm
- #put_threads_into_individual_clusters — Bio::Util::Gngm
- #signal — Bio::Util::Gngm
- #snp_positions — Bio::Util::Gngm
- #snp_positions= — Bio::Util::Gngm
- #threads — Bio::Util::Gngm
- #to_s — Bio::DB::Vcf
- #used_depth — Bio::DB::Vcf
- #variant? — Bio::DB::Vcf
- #write — Bio::Util::Gngm