Data Wrangling and Automated Reports from 'SIVIGILA' Source


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Documentation for package ‘sivirep’ version 1.0.1

Help Pages

agrupar_area_geo Agrupar por área geográfica
agrupar_cols_casos Agrupar por columnas y casos
agrupar_dpto Agrupar por departamento y casos
agrupar_edad Agrupar por edad y casos
agrupar_edad_sex Agrupar por edades, sexo y casos
agrupar_eventos Agrupar por tipo de enfermedad o evento
agrupar_fecha_inisintomas Agrupar por fecha de inicio de síntomas y casos
agrupar_mpio Agrupar por municipios y casos
agrupar_per_etn Agrupar por la pertenencia étnica
agrupar_rango_edad Agrupar por rango de edad y casos
agrupar_semanaepi Agrupar por semana epidemiológica y casos
agrupar_sex Agrupar por sexo y casos
agrupar_sex_semanaepi Agrupar por sexo, semana epidemiológica y casos
agrupar_tipo_caso Agrupar por la clasificación inicial del caso
agrupar_top_area_geo Agrupar por área geográfica a nivel departamental o municipal
agrupar_years Agrupar por años de una enfermedad o evento
calcular_incidencia Calcular incidencia
calcular_incidencia_geo Calcular incidencia según distribución geográfica
calcular_incidencia_sex Calcular incidencia por sexo
convert_edad Convertir edad a años
dengue2020 Datos Dengue 2020 del SIVIGILA en sivirep
divipoladata Códigos e información geografica del DIVIPOLA en sivirep
estandarizar_geo_cods Estandarizar códigos geográficos de los datos de una enfermedad o evento
geo_filtro Filtrar por departamentos y municipios
import_data_event Importar los datos de una enfermedad o evento por año desde los microdatos del SIVIGILA
import_geo_cods Importar datos geográficos de Colombia
import_pob_incidencia Importar la población para efectuar el cálculo de la incidencia
import_pob_proyecciones Importar las proyecciones DANE del año 2005 hasta el 2035
import_pob_riesgo Importar la población a riesgo de un evento o enfermedad
limpiar_data_sivigila Limpiar datos de SIVIGILA
limpiar_edad_event Limpiar las edades de los datos de una enfermedad o evento
limpiar_encabezado Limpiar las etiquetas del encabezado
limpiar_fecha_event Limpiar fechas de los datos de una enfermedad o evento
limpiar_val_atipic Limpiar los valores atípicos de los datos
list_events Importar enfermedades y años disponibles para su descarga desde los microdatos del SIVIGILA
obtener_cond_inciden_event Obtener las condiciones para calcular la incidencia de una enfermedad o evento
obtener_dptos Obtener departamentos de Colombia
obtener_fila_mas_casos Obtener la fila con mayor número de casos
obtener_info_depts Obtener información geográfica de los datos de la enfermedad o evento
obtener_meses_mas_casos Obtener los meses con mayor número de casos
obtener_nombre_dpto Obtener el nombre de un departamento de Colombia
obtener_nombre_mpio Obtener el nombre de un municipio de Colombia
obtener_text_sex Obtener el párrafo de la distribución de casos por sexo
obtener_tip_ocurren_geo Obtener columnas de ocurrencia geográfica de los datos de la enfermedad o evento
obtener_val_config Obtener valor del archivo de configuración
plot_area_geo Generar gráfico de distribución de casos por área geográfica
plot_dptos Generar gráfico de distribución de casos por departamentos
plot_edad Generar gráfico de distribución de casos por edad
plot_edad_sex Generar gráfico de distribución de casos por edad y sexo
plot_fecha_inisintomas Generar gráfico de distribución de casos por fecha de inicio de síntomas
plot_map Generar mapa
plot_mpios Generar gráfico de distribución de casos por municipios
plot_per_etn Generar gráfico de distribución de casos por pertenencia étnica
plot_sex Generar gráfico de distribución de casos por sexo
plot_sex_semanaepi Generar gráfico de distribución de casos por sexo y semana epidemiológica
plot_tabla_incidencia_geo Generar tabla con la incidencia
plot_tabla_incidencia_sex Generar tabla con la incidencia por sexo
plot_tabla_tipos_event Generar tabla con la distribución de casos por tipo de enfermedad o evento
plot_tipo_caso Generar gráfico de distribución de casos por la clasificación inicial del caso
plot_tipo_caso_years Generar gráfico de distribución de casos por la clasificación inicial del caso y los años seleccionados
plot_top_area_geo Generar gráfico de distribución de casos por área geográfica a nivel departamental o municipal
plot_years Generar gráfico de distribución de casos por año